Genética
Alteração genética que surge pela primeira vez em um indivíduo.
Mutação de novo
O que significa cobertura vertical (coverage) em NGS?
Número de vezes que uma base/região foi sequenciada
Qual formato de arquivo armazena variantes identificadas por um pipeline de NGS, incluindo posição, alelos e campos de qualidade?
VCF ou MAF
Uma variante nonsense está no último éxon de um gene LoF. Qual princípio impede aplicar PVS1 em força muito forte?
Escape de NMD
Como se chama um achado genético clinicamente relevante, mas não relacionado ao motivo principal do teste?
Achado secundário
Qual exame mais usado quando há suspeita de rearranjo cromossômico equilibrado?
Cariótipo
Como se chama a preparação do DNA antes do sequenciamento?
Biblioteca
Por que não se deve somar SIFT, PolyPhen e MutationTaster para considerar PP3?
Preditores correlacionados, não independentes
Uma variante missense ocorre no mesmo resíduo de outra variante patogênica, mas gera um aminoácido diferente. Qual critério deve ser avaliado?
PM5
Em suspeita de síndrome genética com atraso do desenvolvimento e múltiplas malformações, qual exame detecta CNVs submicroscópicas em todo o genoma?
CMA/CGH-array
Aproximadamente qual é a taxa de diagnóstico molecular por exoma em pacientes com deficiência intelectual?
30–45%
Uma variante germinativa heterozigota aparece com VAF de 18%. Cite três explicações possíveis, além de erro técnico.
Mosaicismo, hematopoiese clonal, alteração de número de cópias, pseudogene, região homóloga ou contaminação.
Para um indel in-frame, que recursos/ferramentas podem ajudar a avaliar o contexto genômico e repetição da região para definir aplicação do PM4/BP3?
UCSC, Franklin, VarSome e browsers equivalentes.
Uma variante apresenta três estrelas no ClinVar. Isso elimina a necessidade de revisar critérios ACMG? Explique.
Não. A interpretação deve considerar contexto (do caso e de literatura) e tempo das evidências.
Por que critérios específicos de gene/doença (cspecs) devem ter prioridade sobre regras gerais quando disponíveis?
Porque calibram limiares e regras para o contexto biológico específico do gene e da doença.
Uma criança com fenótipo altamente sugestivo de doença metabólica pode precisar de qual abordagem além do teste genético?
Investigação bioquímica/metabólica
Um alelo alternativo aparece repetidamente em baixa frequência em todas as amostras de uma mesma corrida. Qual hipótese deve ser considerada?
Artefato sistemático ou contaminação
Em um pipeline de NGS, qual etapa transforma reads do FASTQ em posições no genoma de referência e qual o arquivo gerado?
Alinhamento/mapeamento; BAM/BAI
Uma variante está ausente no gnomAD. PM2 pode ser aplicado automaticamente? Explique.
Não. É preciso avaliar qualidade e cobertura/contexto da região (Flags?), e tipo de variante (indel complexa?)
Cite 3 tipos de alterações relevantes em genética e não detectáveis em exames de exoma.
Translocação balanceada, metilação, expansão de repetição
Qual doença genética tem atualmente terapia gênica com Zolgensma disponível no SUS em situações definidas?
Atrofia muscular espinhal
Qual é o tamanho médio típico das reads geradas pelo sequenciamento de Sanger, segunda geração (Illumina) e terceira geração?
Sanger: 500 a 1000 pb;
2a geração: 150 a 300 pb.
3a geração: >5-10kb
Em dados brutos de NGS (FASTQ), o que representa um escore de qualidade Phred Q30?
99,9% de acurácia; erro <0,1%
Uma variante missense está em domínio funcional, em um gene com baixa taxa de missense benignas e apresenta REVEL alto. Quais critérios podem ser considerados e qual risco deve ser avaliado?
PM1, PP2 e PP3; dupla contagem da evidência
Qual é o tipo de sequência repetitiva que compõe cerca de 45% do genoma humano?
Elementos transponíveis