Regulatorzy chaosu
Jest to ostateczne miejsce działania wszystkich czynników transkrypcyjnych, w tym NF-κB.
Czym jest jądro komórkowe?
Najczęściej występujący dimer w klasycznym szlaku aktywacji NF-κB
Co to jest p65/p50?
Detergent niejonowy stosowany do rozrywania błony komórkowej bez naruszania jąder
Co to NP-40?
Wyznakowana cząsteczka, która pozwala na wizualizację kompleksów białko-DNA w żelu w technice EMSA
Co to jest sonda?
Izoforma SOD dominująca w cytoplazmie
Co to SOD1?
Sekwencje regulatorowe, które znajdują się na tej samej cząsteczce DNA co regulowany gen
Co to czynniki cis?
To szlak uruchamiany głównie przez ligandy z rodziny TNF, zależny od kinazy NIK
Czym jest alternatywna ścieżka aktywacji NF-kB?
Niespecyficzny inhibitor proteaz serynowych, dodawany do buforów, aby zapobiec degradacji białek
Co to jest PMSF?
Wariant elektroforezy bez dodatku związków denaturujących i redukujących
Czym jest elektroforeza natywna?
Anionorodnik ponadtlenkowy
Co jest substratem SOD?
Minimalna sekwencja DNA, do której wiążą się czynniki transkrypcyjne i polimeraza RNA w celu inicjacji transkrypcji
Czym jest promotor rdzeniowy (core promoter)
Kluczowy krok, który poprzedza degradację IκBα w proteasomie
Czym jest ubikwitynacja?
Chroni białka przed utlenianiem (składnik buforów do izolacji białek)
Jaka jest rola DTT?
Zjawisko (z ang.), w którym kompleks białka z DNA migruje w żelu wolniej niż sama sonda DNA.
Co to jest shift?
Białko cytoplazmatyczne, które wiąże NF-kB i hamuje jego translokację do jądra
Co to jest białko IκB?
Sposób kontrolowania ekspresji genu, w którym różne czynniki transkrypcyjne działają wspólnie, w różnych kombinacjach
Na czym polega regulacja kombinatoryczna?
Domena obecna we wszystkich białkach z rodziny NF-κB, odpowiedzialna za wiązanie DNA i dimeryzację
Co to jest domena RHD (Rel-homology domain)?
Roztwór o bardzo niskiej sile jonowej (np. 10 mM NaCl) stosowany w pierwszym etapie izolacji białek jądrowych
Co to bufor hipotoniczny?
Sonda specyficzna nieznakowana, służąca do potwierdzenia specyficzności wiązania białka do DNA (z ang.)
Co to jest "cold probe" ("zimna sonda")?
Fosforylacja, acetylacja, ubikwitynacja, sumoilacja...
Jakie są przykłady modyfikacji potranslacyjnych białek?
Immunoglobulin fold (Fałd immunoglobulinowy)
Do jakiej superklasy białek należy Nf-kB?
Funkcją tej domeny w białkach inhibitorowych jest wiązanie NF-kB i zatrzymanie go w cytoplazmie
Jaką funkcję ma domena ankyrynowa?
Stabilizują błonę komórkową i jądrową oraz chromatynę, obecne w buforze hipotonicznym
Jaką funkcję pełnią jony Mg2+?
Syntetyczny, dwuniciowy analog DNA dodawany do reakcji jako niespecyficzny kompetytor, który wiąże białka oddziałujące z DNA, zmniejszając niespecyficzne interakcje z właściwą sondą
Co to jest poli(dI)-(dC)?
Jest źródłem wolnych rodników inicjujących poimeryzację żelu poliakrylamidowego
Czym jest APS (nadsiarczan amonu)?