Genética
Qual termo dado para a proporção de indivíduos portadores da variante patogênica que manifestam a doença?
Penetrância
Como se chama a sequência que identifica individualmente uma amostra em um teste de NGS?
Barcode ou index
Quais os principais usos da ferramenta IGV?
Inspecionar visualmente o alinhamento, a qualidade das reads e da chamada de variante.
Uma variante nonsense está no último éxon de um gene LoF. Qual princípio impede aplicar PVS1 em força muito forte?
Escape de NMD
Em priorização de variantes, qual filtro costuma ser aplicado primeiro para excluir variantes incompatíveis com doenças raras?
Frequência populacional
Em uma doença recessiva, duas variantes heterozigotas no mesmo gene foram identificadas no probando. Qual informação adicional é essencial antes de assumir que ambas explicam a doença?
Determinar se estão em trans.
Cite uma das funções dos UMIs usados em NGS?
Melhorar especificidade e sensibilidade; Distinguir mutações de baixa % verdadeiras de erros de PCR.
Uma ferramenta automática classifica uma variante como patogênica. Qual deve ser o papel dessa classificação no laudo final?
Apoio à triagem e busca de evidências, não substitui avaliação crítica
Uma nova variante produz exatamente a mesma alteração proteica que outra P/LP já conhecida, mas por mudança nucleotídica diferente. Qual critério se aplica?
PS1
Em doenças raras, qual vantagem diagnóstica tem o exoma em trio?
Detectar variantes de novo e avaliar herança/fase
Uma doença é causada por alteração de imprinting sem mudança na sequência do DNA. Que tipo de teste pode ser necessário?
Análise de metilação.
Cite exemplos de tecnologias de sequenciamento de primeira, segunda e terceira geração (1 de cada)
Primeira: Sanger. Segunda: Illumina, Ion Torrent, MGI. Terceira: Pacific Bioscience, Oxford Nanopore
Uma região apresenta alta homologia com pseudogene. Qual é o principal problema esperado?
Mapeamento ambíguo/incorreto das reads.
Qual fenômeno específico de variantes mitocondriais deve ser considerado na classificação dessas variantes?
Heteroplasmia
Cite três informações úteis para priorizar variantes após o filtro de frequência.
Tipo/consequência da variante, classificação ClinVar, gene associado ao fenótipo, herança, predição funcional
Uma variante está ausente no sangue de ambos os pais, mas dois irmãos afetados apresentam a mesma variante. Cite uma hipótese biológica plausível.
Mosaicismo gonodal parental; não paternidade
Como CNVs podem ser inferidas em painéis ou exomas mesmo sem visualizar diretamente os pontos de quebra?
Pela profundidade relativa de cobertura
Quais os cut-offs para PP3 e BP4 considerando SpliceAI?
>0,2 e <0,1 em qualquer Delta
Uma variante de gene recessivo foi observada em homozigose em um afetado e em trans com P/LP em outro. Qual critério deve ser avaliado e o que modula sua força?
PM3; número de casos e fase/zigosidade
Como uma inserção de elemento transponível pode causar doença mesmo sem alterar diretamente um éxon codificante? Cite 2 formas.
Interferência no splicing, regulação gênica ou tradução
No SUS, qual documento orienta diagnóstico, acompanhamento e tratamento de muitas doenças raras?
PCDT — Protocolo Clínico e Diretrizes Terapêuticas.
Cite um problema que pode ocorrer quando há pouco DNA de input ou muitos ciclos de PCR durante a preparação de uma biblioteca de NGS?
Aumento de duplicatas; viés de amplificação; artefatos.
Em dados brutos de NGS (FASTQ), o que representa um escore de qualidade Phred Q30?
99,9% de acurácia; erro <0,1%
Uma variante missense está em domínio funcional, em um gene com baixa taxa de missense benignas e apresenta REVEL alto. Quais critérios podem ser considerados e qual risco deve ser avaliado?
PM1, PP2 e PP3.
Dupla contagem da mesma evidência.
Qual é a fração aproximada do genoma humano composta por éxons codificantes?
Cerca de 1,5%